علی مطهری نایب رئیس مجلس در یادداشتی در روزنامه اعتماد نوشت:
رحلت دكتر ابراهيم يزدي از آن جهت جانسوز است كه در دوران حيات او بعد از دولت موقت با او و همفكرانش بدرفتاري شد. به ياد دارم زماني كه حدود شش سال داشتم خانواده دكتر يزدي همسايه ما در بن‌بست كميل كوچه دردار خيابان ري بودند. خانواده اصيلي بودند.
مادر و خواهرانش را هميشه با چادر مشكي در آن كوچه مي‌ديدم و مردم محل احترام خاصي براي اين خانواده قايل بودند. از همان زمان ابراهيم و برادرش كاظم كه پزشك يا دكتر داروساز بود ارتباط نزديكي با پدرم شهيد مطهري داشتند.
دكتر كاظم يزدي در جلسات انجمن اسلامي پزشكان كه سخنران اصلي آن استاد مطهري بود همواره شركت و اظهارنظر مي‌كرد. يك خانواده بااصالت مذهبي بودند.
دكتر ابراهيم يزدي در دوره‌اي كه در امريكا يا ساير كشورهاي غربي بود يكي از چند فرد موثر بر دانشجويان ايراني خارج از كشور بود. در شناساندن امام خميني(ره) به دنياي غرب در ماه‌هاي قبل از پيروزي انقلاب اسلامي نقش اساسي داشت و همين امر در پيروزي سريع‌تر انقلاب موثر بود.
واقعيت اين است كه ما با دكتر ابراهيم يزدي و همفكرانش مانند مهندس عزت‌الله سحابي رفتار خوبي نداشتيم، يك گروه اصيل سابقه‌دار اسلامي به نام نهضت آزادي ايران را به صورت يك گروه معاند معرفي كرديم و آنها را از آزادي بيان و بسياري از حقوق اجتماعي محروم كرديم به اين بهانه كه اينها در بعضي از مسائل نظر ديگري غير از نظر رسمي نظام جمهوري اسلامي دارند.
مثلا اينها معتقد بودند كه تسخير سفارت امريكا كار غلطي بود و آسيب جدي به كشور و انقلاب زد و زمينه حمله عراق به ايران را فراهم كرد، نظري كه امروز بسياري از انقلابيون و حتي تسخيركنندگان سفارت به آن رسيده‌اند گرچه به صورت آشكار بيان نمي‌كنند.
يا امثال دكتر يزدي بعد از فتح خرمشهر معتقد بودند كه بايد به جنگ پايان دهيم، نظري كه باز امروز عده‌اي از مجاهدان جبهه‌ها آن را پذيرفته‌اند.
آسيبي كه انقلاب اسلامي ما دچار آن شده اين است كه برخي از افراد كه دم از انقلابي‌گري و ولايت‌مداري مي‌زنند خيال مي‌كنند هر كس كه نظري مخالف نظر رسمي نظام داشت بايد به شكلي – خواه حبس يا حصر – حذف شود و از حقوق اجتماعي خود مانند آزادي بيان محروم شود چون براي حفظ نظام هر كاري مي‌توان كرد.
اين سرنوشت را ما براي خيلي از شخصيت‌ها اعم از مذهبي و سياسي رقم زديم به اين خيال كه اگر اين كارها را نمي‌كرديم انقلاب از دست مي‌رفت، در حالي كه هر نظام حكومتي به هر حال مخالفان و منتقداني دارد و مادام كه آنها دست به سلاح نبرده‌اند بايد در بيان نظرات خود آزاد باشند. دموكراسي و رفتار علي عليه‌السلام با خوارج، دشمن سرسخت آن امام بايد براي همه ما درس باشد.
تا زماني كه آنها دست به سلاح نبرده بودند در انتقاد از امام علي عليه‌السلام و بيان نظرات‌شان آزاد بودند و اميرالمومنين آنها را زنداني نكرد، شلاق نزد و حقوق آنها از بيت‌المال را نيز قطع نكرد.اميدوارم خداوند از جفاهايي كه ما به امثال دكتر ابراهيم يزدي كرديم بگذرد و اميدوارم كه به نادرستي اين راه پي ببريم و تغيير روش بدهيم تا قربانيان جديدي پيدا نشود.
من یزدی را نمیشناخنم
وقتی دیدم مطهری داره ازش میگه
فهمیدم کار ش از پای بست خراب بوده.
واقعا آزاده است. تاریخ از او به نیکی یاد خواهد کرد